首先，珍珠棉的存储环境至关重要。应选择干燥、阴凉、通风的地方作为存放地点，避免长时间暴露在阳光下或潮湿环境中。阳光直射会导致珍珠棉变黄、老化，降低使用寿命，而潮湿环境则会使珍珠棉吸湿变形，甚至发霉。因此，库房内应保持适当的通风，以减少湿度，同时避免选择靠近火源、热源、腐蚀性气体等不良环境的地方。为了确保珍珠棉的干燥状态，可以在库房内放置干燥剂、防潮剂等物品，并定期检查库房湿度，保证相对湿度控制在50%\~80%之间，也有说法认为应控制在60%以下，以防止珍珠棉吸湿。
温度控制也是珍珠棉存放过程中的重要环节。储存温度应保持在-15℃至40℃之间，避免过高或过低的温度对珍珠棉的性能产生影响。虽然珍珠棉对温度的适应范围较广，但极端温度仍可能导致其老化或变形。过高的温度会使珍珠棉变软，失去原有的弹性和防震性能；而过低的温度则可能导致珍珠棉硬化，影响其使用效果。因此，库房内应保持恒温，避免温度波动过大。同时，需要注意的是，黑色珍珠棉由于具有吸热的特性，长时间暴露在高温环境下会导致收缩，造成产品质量问题，因此必须避光保存。
在存放方式上，珍珠棉一般是以卷的形态进行包装和运输的，因此在存储时也应按照卷形来储放，不可折叠。折叠会导致珍珠棉内部的气泡结构受到破坏，影响其防震、抗冲击性能。如果存放时间过久，应每隔一段时间翻动一次，以防止变形。此外，珍珠棉应水平放置，避免垂直放置或倾斜放置，以减少对材料的压力。在库房内，可以将珍珠棉分层堆放，但要关注每层之间的距离，以免压迫下面的珍珠棉。顶层珍珠棉应适当减压，防止下面的珍珠棉受损。
在存放过程中，还需要特别注意避免珍珠棉受到损伤。尖锐物品可能会刺破珍珠棉的表面，导致其破损，因此应避免与尖锐物品放在一起。同时，避免珍珠棉受到重压，长时间受到挤压可能导致其内部结构发生变化，影响其性能。装卸珍珠棉时，应注意不要损坏其外层的薄膜袋，以免珍珠棉边缘受损。此外，还应避免蛮横装卸，以免引起松卷甩套。为了保护珍珠棉的外包装，可以在其外面套上一个薄膜袋，以防止灰尘和污垢的附着。
在安全注意事项方面，虽然珍珠棉本身不易燃，但在存储过程中仍需注意防火安全。应避免将珍珠棉放置在火源附近，如烟头、明火等，并加强火源管理，确保库房内无火源隐患。同时，定期检查电线线路，防止短路引发火灾。电线应远离珍珠棉，避免直接接触。此外，由于珍珠棉是易燃物品，仓库内以及四周附近应严格要求禁止吸烟，并配备相应的消防设施，于适当位置设置消防器材配置图，以策安全。
除了上述注意事项外，珍珠棉的存放时间也需严格控制。一般建议存放时间在半年以内，因为珍珠棉里面有无数的独立气泡，存放时间太久容易造成气泡回缩，导致整体缩小，和产品尺寸不符。特别是对于防静电珍珠棉等特殊类型的珍珠棉，更应注意存放时间，以免影响其性能。

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